En la versión de postgis 2x (para postgres 9x), la forma de crear una base de datos espacial es la siguiente:
1. Crear una base de datos:
psql -d [yourdatabase] -c "CREATE EXTENSION postgis;"
2. Crear la extensiòn espacial a esa base de datos:
psql -d [yourdatabase] -c "CREATE EXTENSION postgis;"
3. Crear la extensiòn topologìa
psql -d [yourdatabase] -c "CREATE EXTENSION postgis_topology;"
Yo he creado de esta forma mi "postgis_template" y luego solo la uso como plantilla para las nuevas bases de datos espaciales.
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